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档案整理首先要保持历史联系的关联性
某些档案材料由于保存的时间较长，其自身和档案整理体系都会发生某些变化，也要对其进行相应的调整。对零散文件的整理，且对档案进行全过程的整理工作，包括区分全宗类档案的分类。整理工作的基本原则是大方向的整理，首先就是必须保持文件之间真实历史的联系，而文件之间历史联系主要体现为文件在其来源、形成、时间、内容和形式等方面密不可分的关联性。因此我们这个原则，首先要保持文件之间这种历史联系以及各个方面的关联性。
档案文件在整理过程中要注意维护和保持原有的基础
档案文件是在特定的历史、条件、环境、事件背景下形成的，在整理过程中一定要维护和保持，以便未来再现这种历史联系。档案的整理应该充分利用原有的基础，充分重视和利用先前整理的基础，不要轻易的打乱、重整。
例如业务部门或者文书人员整理的顺序、整理的方法，如果仅因为个人感觉已经落伍，就把它重新打乱、重新按照自已的要求来做，像这种观念是不可取的，我们提倡应该充分的重视和利用之前已经整理好的那种已有的这个基础。
正确的态度和严肃性是档案整理中不可或缺的
档案具有政治性保密性特点。为了突出档案工作严肃性，在前期整理工作中，整理人员要保持正确的态度，认真核对各项内容，如拆除装订、实体检查及数量清查等。其中的拆除装订工作，是提高数字化效率的关键，但值得注意的是，如果纸张较为脆弱、过薄，可以不拆除。实体检查主要是核对档案内容是否完整，是否存在缺漏页现象。数量清查可以按照目录进行，确保数据库中的各个条目对应要素与实体相符合。如果发现错误，应立即纠正。
档案整理的质量由人员水平和管理人员决策共同决定
档案整理工作的质量会直接受到档案管理人员业务水平高低的影响，为了提案管理人员的业务水平，让其能够更好的适应档案组织整理工作的需要，尽可能的调动工作人员的工作积极性，增强他们的工作责任心。由于积存文件特别是零散文件不管是从种类上还是从载体上来说，都具有多样化的特点，所以还需要及时更新管理方法，这就对档案管理人员提出了更多的要求。